Henry Jones nació en Folkestone, Kent el 19 de Mayo de 1822, uno de cinco hijos de Pilcher Jones, un mueblista, y su esposa Mary Hall.

Poco se sabe de la infancia de Henry pero se sabe que a la edad de dieciseis años se mudó a Londres donde se sirvió como aprendiz del organero Joseph Walker (no confundir con Walcker) en su taller de la calle Francis cerca de Tottenham Court Road. En 1845 puso un negocio por su cuenta en 10 Pond Place in Brompton.

Durante los 1850's existen registros de algunos órganos construidos por él, pero 1861 obtuvo un contrato para construir un gran órgano para la St. Matthew's, de Bethnal Green (detruida in el Blitz), y otro para la feria de 1862, los cuales lo llevaron a la fama. Este segundo instrumento fue modificado varias veces, pero aún existe en la iglesia Christchurch en Reading, (aunque intocable). El instrumento obtuvo una galardón en la feria debido a su "Potencia y Sonoridad".

Obtuvo otros contratos, y Jones tralsadó su floreciente negocio y familia a la calle 136 Fulham Road, Brompton, con un nuevo taller establecido a pocos metros en una vieja fábrica de telas para piso.

A raiz de estos trabajos, recibió nuevos encargos para la construcción de órganos de uno y dos manuales, con ocasionales instrumentos mayores. Entre ellos, se encuntran los de St. Matthias, Earls Court (1872, destruidos en el Blitz), el construido para la feria internacional de 1872 (desmantelado en 1912), el Gran Órgano para el Royal Aquarium (1876 ‑ desmantelado en 1909), y el gran órgano para el convento Servile Priory en Fulham Road, el cual sobrevivió hasta 1967.

En 1881 la firma produjo un catálogo que listaba 306 organos de los cuales 106 estaban en Londres, 184 en provincia y 17 que habían sido enviados al exterior. Durante los 1880 gran parte del negocio fue absorbido por su hijo mayor, Henry Spain Jones, mientras que Henry padre, ahora en sus sesenta, comenzó a concentrarse en órganos individuales. En 1885 construyó un intrumento de tracción mecánica para la feria de inventos de Kensington. Este órgano se destacó por su mecanismo excepcionalmente liviano, a raiz de lo cual sue trasladado a una de las escuelas de música de Londres.

En 1886 recibió el encago para construir un órgano para la feria National Art Treasures Exhibition de Folkestone. La obra, de un maestro organero en la cúspide si su carrera, fue construido para una exhibición en su propia ciudad, y fue destinado a ser su mejor obra.

Jones continuó con su trabajo hasta los finales de sus setenta. El último órgano que recibió su atención personal fue el de Bencher's Chapel, Grays Inn, construido en 1894 (y destruido en el Blitz).

Henry Jones falleció el 18 de mayo de 1900, y fué sepultado en la tumba familiar en el Brompton Cemetery, de Londres.

Su obituario fue publicado en el "Organ and Chorimaster" en Junio de 1900. En uno de los periódicos de Folkestone apareció una nota del Rev. Edward Husband, su gran amigo:

Un hombre más generoso, y más directo aun no ha sido hallado. Su presencia genial siempre fue luminosa y alegre. No hace mucho que me dijo: "Doy gracias a Dios por haber gozado tanto en la vida ‑ tuve una vida tan feliz." El era un caballero valioso, y un amigo confiable.

De sus instrumentos, el órgano de Moseley es el último de sus instrumentos mayores. Muchos de los órganos menores se encuentran e variados estados de decadencia, pero ninguno se acerca al tamaño o calidad de éste.